www.afsca.be       AFSCA - RAPPORT D'ACTIVITÉS 2018
Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire
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Contaminants microbiologiques Version imprimable   |   Dernière mise à jour le 23.08.2019

Micro-organismes indicateurs
Matériel de prélèvement
Aliments pour animaux
Denrées alimentaires
Engrais, amendements, substrats de culture et boues d'épuration
Eau (non utlisée comme boisson)

Micro-organismes pathogènes
Matériaux de contact
Aliments pour animaux
Denrées alimentaires
Engrais, amendements, substrats de culture et boues d'épuration
Eau (non utlisée comme boisson)

Antibiorésistance



L'AFSCA réalise chaque année des milliers d'analyses microbiologiques d'échantillons prélevés dans tous les maillons de la chaîne alimentaire, pour rechercher ou dénombrer les pathogènes (Salmonella, Campylobacter, STEC - e.a. E. coli O157, E. coli O103, O104:H4, O111, O145 et O26, Listeria monocytogenes, le virus de l'hépatite A, le norovirus, Cronobacter spp., Vibrio cholereae, Vibrio parahaemolyticus, Yersinia enterocolitica) et les organismes indicateurs d'hygiène (germes totaux, E. coli, Enterobacteriaceae, levures et moisissures). S’ils sont présents en grandes quantités, certains indicateurs comme Staphylococcus à coagulase positive, Bacillus cereus, Clostridium perfringens et Clostridium botulinum produire des toxines pathogènes pour l’homme

Critères microbiologiques applicables aux denrées alimentaires d'origine animale
Poulet contaminé par des bactéries, est-ce dangereux ?
Rapport Trends and Sources (EN)




Micro-organismes indicateurs

Les micro-organismes indicateurs sont des micro-organismes dont la présence ou la concentration est corrélée à la maîtrise de l’hygiène des procédés. Ils peuvent être des indicateurs d'une contamination microbienne initiale de produits crus, de la maîtrise des contaminations après traitement thermique, de l’hygiène des manipulations, des conditions de conservation, ... Exemples : pour le suivi de la contamination fécale, Enterobacteriaceae ou E. coli et pour la surveillance de la contamination aéroportée, les levures et moisissures.

Attention, un critère d’hygiène pour un maillon de la chaîne alimentaire peut être considéré comme un critère de sécurité pour un autre maillon de la chaîne. Par exemple, au sein de la même chaîne, Salmonella est un indicateur d’hygiène lors des procédés d’abattage, mais est par contre un critère de sécurité pour la viande hachée.


    Matériel de prélèvement

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    982 77

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Campylobacter 484 93,0 5
    E. coli 402 97,5 1
    Enterobacteriaceae 150 94,0 -
    Germes totaux 150 92,7 -
    Salmonella 1.503 95,3 10
    Total 2.151 94,5 15

    Mesures prises suite aux non-conformités
      Nombre de mesures
    Avertissements 2
    PV 2
    Autres 11
    Total 15

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Peaux du cou 34 Campylobacter
    Peaux du cou 27 Salmonella
    Swabs 10 E. coli
    Swabs 9 Enterobacteriaceae
    Swabs 11 Germes totaux
    Swabs 43 Salmonella


    Aliments pour animaux

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    209 90

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Enterobacteriaceae 247 92,7 15
    Total 247 92,7 15

    Mesures prises suite aux non-conformités
      Nombre de mesures
    Avertissements 2
    PV 4
    Saisies 3
    Mesures suite aux non-conformités à l'encontre d'un autre opérateur 5
    Autres 2
    Total 15

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Aliments complémentaires pour animaux 1 Enterobacteriacea
    Aliments complets pour animaux 13 Enterobacteriacea
    Produits à mastiquer pour chiens 1 Enterobacteriacea
    Protéines animales NHC 3 Enterobacteriacea


    Denrées alimentaires

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    5.583 3.698

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    AMR 1.671 99,9 -
    Clostridium perfringens 558 99,6 -
    Coliformes 75 93,3 3
    E. coli 5.828 97,9 33
    Enterobacteriaceae 2.182 93,0 18
    Entérocoques 102 99,0 -
    Germes totaux 3.106 86,7 67
    Levures et moisissures 513 91,4 1
    Pseudonomas aeruginosa 131 96,9 3
    Spores d'anaérobies sulfito-réducteurs 41 100 -
    Streptocoques 41 97,6 1
    Total 8.401 92,0 114

    Mesures prises suite aux non-conformités
      Nombre de mesures
    Avertissements 27
    PV 7
    Saisies 2
    Mesures suite aux non-conformités à l'encontre d'un autre opérateur 64
    Autres 14
    Total 114

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Abats 3 E. coli
    Babeurre 4 Enterobacteriaceae
    Beurre 34 E. coli
    Beurre 6 Enterobacteriaceae
    Crustacés 6 E. coli
    Crustacés 85 Germes totaux
    Cubes de glace 1 Coliformes
    Cubes de glace 1 Pseudonomas aeruginosa
    Eaux 4 Coliformes
    Eaux 3 E. coli
    Eaux 1 Entérocoques
    Eaux 5 Germes totaux
    Eaux 3 Pseudonomas aeruginosa
    Eaux 1 Streptocoques
    Fromage 34 E. coli
    Fromage 46 Enterobacteriaceae
    Germes de légumes 1 E. coli
    Gingembre 1 Germes totaux
    Glacé de consommation 1 E. coli
    Glacé de consommation 48 Enterobacteriaceae
    Glacé de consommation 12 Germes totaux
    Insectes 1 Germes totaux
    Lait 6 E. coli
    Lait 6 Enterobacteriaceae
    Lait 20 Germes totaux
    Lait préparé en biberon pour nourrissons 4 Enterobacteriaceae
    Légumes, fruits et graines de IVème gamme 1 E. coli
    Mollusques bivalves 3 E. coli
    Nouilles 1 E. coli
    Ovoproduits liquide 1 Enterobacteriaceae
    Pâtisserie 14 Germes totaux
    Plats préparés prêts à consommer froids 1 E. coli
    Plats préparés prêts à consommer froids 9 Enterobacteriaceae
    Plats préparés prêts à consommer froids 10 Germes totaux
    Plats préparés prêts à consommer froids 23 Levures et moisissures
    Plats préparés prêts à consommer réchauffés 2 Clostridium perfringens
    Plats préparés prêts à consommer réchauffés 2 E. coli
    Plats préparés prêts à consommer réchauffés 9 Enterobacteriaceae
    Plats préparés prêts à consommer réchauffés 7 Germes totaux
    Plats préparés prêts à consommer réchauffés 7 Levures et moisissures
    Poivre de cayenne 1 Germes totaux
    Préparations à base d'oeufs crus 3 E. coli
    Préparations à base d'oeufs crus 5 Germes totaux
    Préparations de suite pour nourrissons 1 Enterobacteriaceae
    Préparations de viande 3 E. coli
    Préparations de viande 37 Germes totaux
    Préparations pour nourrissons 1 Enterobacteriaceae
    Produits à base de viande 2 E. coli
    Produits à base de viande 12 Enterobacteriaceae
    Produits à base de viande 22 Germes totaux
    Produits à base de viande 9 Levures et moisissures
    Pudding 1 Enterobacteriaceae
    Quorn 1 Germes totaux
    Riz au lait 1 Enterobacteriaceae
    Salade de crustacés 1 E. coli
    Salade de crustacés 8 Germes totaux
    Salade de crustacés 1 Levures et moisissures
    Salade de poissons 4 Germes totaux
    Salade de poissons 4 Levures et moisissures
    Salade préparées à base de riz, pâtes, semoules 1 E. coli
    Spread/tapenade végétarienne 20 Germes totaux
    Tofu 7 Germes totaux
    Viande 1 AMR
    Viande 17 E. coli
    Viande 154 Germes totaux
    Yoghourt 4 Enterobacteriaceae


    Engrais, amendements, substrats de culture et boues d'épuration

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    40 3

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Enterobacteriaceae 46 100 -
    Total 46 100 -


    Eau (non utilisée comme boisson)

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    147 137

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Clostridium perfringens 147 96,6 1
    Coliformes 56 80,4 7
    E. coli 147 94,6 7
    Entérocoques 55 94,5 3
    Pseudonomas aeruginosa 53 98,1 1
    Total 149 87,9 10

    Mesures prises suite aux non-conformités
      Nombre de mesures
    Avertissements 2
    PV 7
    Autres 1
    Total 10

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Eaux (non destinées à la boisson) 4 Clostridium perfringens
    Eaux (non destinées à la boisson) 5 Coliformes
    Eaux (non destinées à la boisson) 4 E. coli
    Eaux (non destinées à la boisson) 2 Entérocoques
    Eaux utilisées dans les préparations 6 Coliformes
    Eaux utilisées dans les préparations 4 E. coli
    Eaux utilisées dans les préparations 1 Entérocoques
    Eaux utilisées dans les préparations 1 Clostridium perfringens
    Eaux utilisées dans les préparations 1 Pseudonomas aeruginosa



Micro-organismes pathogènes

L’analyse des denrées alimentaires quant à la présence de micro-organismes pathogènes vise la détection de micro-organismes qui peuvent provoquer des maladies chez l'homme suite à la consommation de denrées alimentaires qui en contiennent. Certaines bactéries produisent des toxines qui sont responsables de maladies chez l’homme. Les micro-organismes pathogènes peuvent être des bactéries (par exemple Listeria monocytogenes, Salmonella, E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), Yersinia enterocolitica) et des virus (par exemple norovirus, virus de l’hépatite A).


    Matériaux de contact

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    2 2

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Norovirus 2 100 -
    Total 2 100 -


    Aliments pour animaux

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    849 479

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Salmonella 932 98,0 17
    Total 932 98,0 17

    Mesures prises suite aux non-conformités
      Nombre de mesures
    Avertissements 4
    PV 4
    Saisies 2
    Mesures suite aux non-conformités à l'encontre d'un autre opérateur 5
    Autres 2
    Total 17

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Aliments complémentaires pour animaux 1 Salmonella
    Aliments complets pour animaux 6 Salmonella
    Graines ou fruits oléagineux et produits dérivés 4 Salmonella
    Produits à mastiquer pour chiens 1 Salmonella
    Produits d'animaux terrestres 3 Salmonella
    Protéines animales NHC 4 Salmonella


    Denrées alimentaires

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    8.522 4.947

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Bacillus cereus 1.791 99,4 -
    Campylobacter 2.068 98,8 2
    Clostridium botulinum 228 100 -
    Cronobacter sakazakii 213 99,5 1
    Hépatite A Virus 747 100 -
    Listeria monocytogenes 9.155 99,2 28
    Norovirus 459 98,7 -
    Salmonella 6.407 98,3 25
    Shigella spp 1 100 -
    Staphylocoques 3.829 98,8 9
    STEC 3.411 99,5 3
    Vibrio cholerae 236 98,3 -
    Vibrio cholerae pathogène 2 100 -
    Vibrio parahaemolyticus 89 92,1 1
    Vibrio parahaemolyticus pathogène 10 90,0 -
    Yersinia enterocolitica pathogène pour l’homme 322 99,4 -
    Total 15.523 98,1 69

    Mesures prises suite aux non-conformités
      Nombre de mesures
    Avertissements 5
    PV 10
    Saisies 8
    Mesures suite aux non-conformités à l'encontre d'un autre opérateur 4
    Autres 45
    Total 69

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Abats 2 Salmonella
    Beurre 17 Listeria monocytogenes
    Beurre 8 Staphylocoques
    Crustacés 1 Salmonella
    Crustacés 2 Staphylocoques
    Crustacés 1 Vibrio cholerae
    Cumin 1 Bacillus cereus
    Cumin 2 Salmonella
    Eaux 1 Norovirus
    Epinards 1 Salmonella
    Filets de poisson 2 Listeria monocytogenes
    Fromage 16 Listeria monocytogenes
    Fromage 17 Staphylocoques
    Fromage 2 STEC
    Glacé de consommation 1 Listeria monocytogenes
    Glacé de consommation 1 Salmonella
    Glacé de consommation 4 Staphylocoques
    Lait 1 STEC
    Légumes, fruits et graines de IVème gamme 2 Listeria monocytogenes
    Mollusques bivalves 1 Norovirus
    Mollusques bivalves 3 Vibrio cholerae
    Mollusques bivalves 6 Vibrio parahaemolyticus
    Mollusques bivalves 1 Vibrio parahaemolyticus pathogène
    Pâtisserie 1 Staphylocoques
    Plats préparés prêts à consommer froids 1 Bacillus cereus
    Plats préparés prêts à consommer froids 1 Staphylocoques
    Plats préparés prêts à consommer réchauffés 4 Bacillus cereus
    Plats préparés prêts à consommer réchauffés 1 Salmonella
    Plats préparés prêts à consommer réchauffés 2 Staphylocoques
    Poissons 1 Listeria monocytogenes
    Poivre noir 1 Salmonella
    Préparations à base d'oeufs crus 1 Listeria monocytogenes
    Préparations à base d'oeufs crus 4 Staphylocoques
    Préparations de suite pour nourrissons 1 Bacillus cereus
    Préparations de viande 1 Bacillus cereus
    Préparations de viande 5 Listeria monocytogenes
    Préparations de viande 1 Norovirus
    Préparations de viande 17 Salmonella
    Préparations de viande 3 STEC
    Préparations de viande 1 Yersinia enterocolitica pathogène pour l’homme
    Préparations pour nourrissons 1 Cronobacter sakazakii
    Produits à base de viande 1 Campylobacter
    Produits à base de viande 15 Listeria monocytogenes
    Produits à base de viande 1 Norovirus
    Produits à base de viande 6 Salmonella
    Produits à base de viande 3 Staphylocoques
    Quorn 1 Listeria monocytogenes
    Riz au lait 1 Bacillus cereus
    Salade de crustacés 6 Listeria monocytogenes
    Salade de crustacés 1 Vibrio parahaemolyticus
    Salade de poissons 3 Listeria monocytogenes
    Salade de poissons 2 Staphylocoques
    Salade préparées à base de riz, pâtes, semoules 1 Bacillus cereus
    Salade préparées à base de riz, pâtes, semoules 1 Staphylocoques
    Spread/tapenade végétarienne 2 Staphylocoques
    Swabs 10 STEC
    Swabs 1 Yersinia enterocolitica pathogène pour l’homme
    Tissu musculaire (Viande) 3 Salmonella
    Tomates 1 Norovirus
    Viande 24 Campylobacter
    Viande 72 Salmonella
    Viande 1 STEC
    Zakouskis à réchauffer 1 Norovirus


    Engrais, amendements, substrats de culture et boues d'épuration

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    43 4

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Salmonella 50 100 -
    Total 50 100 -


    Eau (non utilisée comme boisson)

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    12 6

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Salmonella 29 100 -
    Total 29 100 -




Antibiorésistance

Les autorités belges consacrent beaucoup d’attention à la problématique de la résistance antimicrobienne, aussi bien chez l’homme que chez l’animal. D’une part, la situation est suivie de près grâce à un monitoring de la résistance antimicrobienne (analyses des commensaux et zoonoses dans la viande et chez les animaux vivants) ainsi que de l’utilisation des antibiotiques. D’autre part, des mesures concrètes sont prises et préparées en vue d’une utilisation rationnelle des antibiotiques dans le secteur animal. L'objectif est de réduire la résistance et ainsi d’éviter qu’elle ne constitue un danger pour la santé publique.

Avec les différentes parties prenantes du secteur, l’AFSCA finance l’AMCRA (Antimicrobial Consumption and Resistance in Animals) et collabore avec elle. Ce centre d’expertise réalise des actions de sensibilisation à l'attention des agriculteurs et des vétérinaires, rédige des avis et des formulaires pour une utilisation responsable des antibiotiques. Ces initiatives ont entraîné une baisse de 26% des ventes d'antibiotiques entre 2011 et 2017.

AMCRA

Le centre de connaissance AMCRA (Antimicrobial Consumption and Resistance in Animals), une initiative de tous les acteurs concernés et soutenue et cofinancée par l'AFSCA et l'AFMPS (Agence fédérale des médicaments et produits de santé), existe depuis 2012.
Chaque année, des objectifs stratégiques sont définis en vue d’informer, de sensibiliser et de communiquer dans le cadre de la résistance aux antimicrobiens chez les animaux de production et les animaux de compagnie. Ses avis, formulaires, guides de santé, ... sont publiés sur leur site web www.amcra.be. L’AMCRA organise également des campagnes de sensibilisation, des roadshows pour les vétérinaires et éleveurs, et participe comme orateur à des congrès nationaux et internationaux.

En 2018, l'AMCRA a continué de soutenir les autorités et les secteurs. Dans la communication et la sensibilisation, l'accent a été mis sur le renforcement de la relation 1-1 entre l'agriculteur et le vétérinaire et sur la mise en œuvre d'un plan de santé au travail et d'un plan d'action. La coopération avec le secteur des animaux de compagnie a également été renforcée. Dans ce secteur, l'application des directives de l'AMCRA sur l'utilisation des "antibiotiques rouges" a été stimulée et un dépliant a été rédigé avec le message "Antibiotiques : n'en profitez pas, ça vous fera du tort". L'avis "Plan d'action pour la réduction de l'utilisation des antibiotiques au niveau des entreprises" et deux avis sur l'oxyde de zinc et la colistine ont été publiés. De plus, l'AMCRA continue de jouer un rôle important au sein du comité de gestion de la convention afin de réduire l’utilisation d'antibiotiques et de continuer à sensibiliser les éleveurs et les vétérinaires. L’unité scientifique de l'AMCRA travaille, pour le compte de l'AFMPS, à l’analyse des données issues de Sanitel-Med. La collaboration se poursuivra en 2019.

2018 – Deux premiers objectifs atteints

Fin 2017, dans le cadre de la convention entre les autorités fédérales et les partenaires sectoriels concernés par la réduction de l'utilisation d'antibiotiques dans le secteur animal, deux des trois objectifs stratégiques ont été atteints. Par rapport à 2011, une réduction de 86% de l'utilisation d'antibiotiques critiques (le but étant une réduction de 75% fin 2020) et une réduction de 66% de l'utilisation d'aliments médicamenteux contenant des antibiotiques (le but étant une réduction de 50% fin 2017) ont été réalisées. D'autres résultats encourageants ont été obtenus afin d'atteindre le troisième objectif stratégique, à savoir une réduction de 50% de l'utilisation générale des antibiotiques d'ici la fin 2020. Fin 2017, une réduction cumulée de 26% a été enregistrée. Le deuxième rapport annuel sur les activités et les résultats "2017" du comité de gestion de cette convention a été publié sur le site Internet de l'AFSCA.


Figure: Évolution de l’utilisation totale d’antibiotiques par biomasse (somme des kg de viande de bovins, porcs, volailles et petits ruminants produits par an en Belgique, à laquelle on ajoute le nombre de vaches laitières multiplié par leur poids métabolique) en médecine vétérinaire en Belgique entre 2011 et 2017.


Figure : Trajet de réduction annuel proposé par l’AMCRA pour l’utilisation totale des antibiotiques entre 2011 et 2020 (barres bleues) et réduction réellement atteinte entre 2011 et 2017 (barres rouges).


Figure : Proportion d’utilisation de produits avec un code de couleur jaune (1er choix d'antibiotiques) , orange (2ème choix d'antibiotiques) et rouge (troisième choix d'antibiotiques = antibiotiques d'importance critique (fluoroquinolones et céphalosporines de 3ème et 4ème génération)) chez les animaux en Belgique entre 2013 et 2017 et évolution en pourcent entre 2016 et 2017 (code couleur = selon les formulaires AMCRA).

En 2018, les éleveurs de veaux de boucherie, volailles et porcs ont reçu leur premier rapport de référence basé sur les données enregistrées par le vétérinaire dans Sanitel-Med, une base de données centrale gérée par l'AFMPS.
L’antibiorésistance est le prototype d’une problématique ‘one health’. En 2018, les premières mesures ont été prises en vue d'un plan d'action ‘one- health AMR’ faisant intervenir la médecine humaine, la médecine vétérinaire et l'environnement.

Depuis 2011, l'AFSCA procède à un suivi de l'antibiorésistance des zoonoses et des germes indicateurs chez les veaux, les jeunes bovins, les porcs et les volailles et dans les produits animaux. Depuis 2014, le monitoring harmonisé au niveau européen est complètement intégré au monitoring national. La résistance aux antimicrobiens de, entre autres, E. coli, Salmonella et Campylobacter est surveillée ainsi que la prévention des E. coli productrices de BLSE, d’AmpC et de carbapénèmase. Les résultats détaillés sont disponibles sur le site Internet de l'AFSCA. Chaque année, les résultats européens sont publiés dans le « EU summary report on AMR » sur le site Internet de l'EFSA.


Monitoring de la résistance antimicrobienne des bactéries zoonotiques

Campylobacter

La résistance antimicrobienne des Campylobacter jejuni a été évaluée sur 271 souches provenant de carcasses et de viandes de volailles. La résistance aux fluoroquinolones et à la tétracycline a continué à augmenter progressivement en 2017.
  • 30% des isolats sont sensibles à tous les antibiotiques testés, ce qui représente une légère diminution par rapport à 2017 ;
  • 8,2% des isolats sont résistants à 3 antibiotiques testés ou plus, ce qui représente une forte augmentation par rapport à 2017 (+7,4%).


Salmonella

Chez les animaux vivants, le profil de résistance antimicrobienne est déterminé pour les souches de Salmonella isolées chaque année dans le cadre du programme national de lutte contre Salmonella chez les poules pondeuses et les poulets de chair. Ces analyses s'inscrivent dans le cadre du monitoring harmonisé au niveau européen. Le profil de résistance dépend fortement du sérotype de Salmonella.

    Poules pondeuses
    Chez les poules pondeuses, 24 isolats ont été analysés en 2018, dont 6 isolats de S. Enteritidis, 14 isolats de S. Infantis et 1 isolat de respectivement S. Jerusalem, de S. Kedougou, de S. Rissen et de S. Typhimurium. 3 des 6 isolats de S. Enteritidis étaient résistants à la colistine, 35,7 % des S. Infantis étaient résistants et 28,6 % étaient multirésistants. Un isolat était à la limite résistant à la tigécycline, un antibiotique de dernier recours pour la médecine humaine. S. Typhimurium était multirésistant et S. Jerusalem était résistant à l'ampicilline et au céfotaxime.

    Poulets de chair
    Chez les poulets de chair, 178 isolats ont été analysés en 2018 : 72% des isolats étaient résistants à au moins un des antibiotiques analysés, 57% des isolats étaient multirésistants (> 2 antibiotiques). Cela représente de nouveau une augmentation de la résistance en 2018 par rapport à 2017, après une forte baisse en 2017 par rapport à 2016. Ceci est probablement dû au grand nombre d'isolats de S. Infantis. Au sein des isolats de S. Infantis, le pourcentage de souches multirésistantes (contre >3 antibiotiques testés) est passé de 67% en 2017 à 90% en 2018. Le pourcentage d'isolats résistants de S. Typhimuriusm a diminué en 2018 (77,8 %) comparativement à 2016 (93 %) et 2017 (81 %).

    Résultats des souches des principaux sérotypes prélevés dans les exploitations de poulets de chair en 2018
      Nombre
    d'isolats
    Résistance à au moins
    1 antimicrobien (%)
    Multirésistance
    (>3 antimicrobiens) (%)
    Multirésistance
    (>2 antimicrobiens) (%)
    S. Infantis 60 96,7 90,0 95,0
    S. Paratyphi B var. Java 26 100 42,3 57,7
    S. Rissen 24 4,2 4,2 4,2
    S. Minnesota 10 90,0 10,0 30,0
    S. Livingstone 8 0 0 0
    S. Typhimurium 9 77,8 44,4 44,4
    Monofasische S. Typhimurium 9 100 22,2 88,9

    Denrées alimentaires
    La résistance antimicrobienne a été définie pour 130 souches de Salmonella isolées à partir d'aliments dans le cadre du programme de contrôle de l'AFSCA. Pour la 4ème année consécutive, la CMI (concentration minimale d’inhibition) a été déterminée pour tous les sérotypes rencontrés. 29% des souches n'ont montré aucune résistance, 9,7% étaient résistantes à un antibiotique, tandis que 51,6% étaient multirésistantes (c.-à-d. résistantes à 3 antibiotiques ou plus). Les résistances les plus fréquentes concernent le sulfaméthoxazole (58%), la ciprofloxacine (45%), la tétracycline (41%) et l'acide nalidixique (35%).

    Dans le cadre d'un monitoring harmonisé au niveau de l'UE, la résistance antimicrobienne a été définie pour 115 souches de Salmonella isolées à partir d'échantillons de carcasses prélevés en vue de la vérification du critère d’hygiène des procédés pour Salmonella. Les échantillons ont été obtenus via le programme de contrôle de l'AFSCA (47) et via l'autocontrôle réalisé par les opérateurs (68). En 2018, tout comme en 2016, le monitoring harmonisé au niveau européen portait sur des carcasses de poulets de chair. Dans 14,6% des cas, les souches ne montraient aucune résistance, 6,3% étaient résistantes à un antibiotique, tandis que 59,5% étaient multirésistantes (c.-à-d. résistantes à 3 antibiotiques ou plus). Les résistances les plus fréquentes concernent le sulfaméthoxazole (83%), la ciprofloxacine (70%), le triméthoprime (54%) et l'ampicilline (51%). Par rapport à 2016, on constate une augmentation de la résistance pour tous les antibiotiques analysés, excepté pour l’acide nalidixique.


MRSA (methicilline resistant Staphylococcus aureus)

Depuis 2011, l’AFSCA réalise un monitoring annuel de la prévalence et de la résistance antimicrobienne de MRSA selon un cycle continu de trois ans : la première année chez les volailles, l'année suivante chez les bovins et la troisième année chez les porcs. Ainsi, les porcs ont été échantillonnés en 2016, les volailles en 2017 et les bovins en 2018. Les pourcentages d'isolats positifs au MRSA dans les différentes catégories de bovins en 2018 sont indiqués ci-dessous.

Prévalence du MRSA appartenant au complexe clonal CC398 (MRSA d'origine animale) en 2018
  Nombre d’analyses MRSA (%)
Veaux de boucherie 145 54,5
Bovins viandeux 103 8,7
Vaches laitières 93 14,0

Bien qu'il y ait eu une légère diminution de la prévalence du MRSA dans les diverses catégories entre 2012 et 2015, il y a maintenant une augmentation entre 2015 et 2018. Aucune souche n'était résistante aux antibiotiques de dernier recours utilisés en médecine humaine.


Monitoring de la résistance antimicrobienne des germes indicateurs

Un monitoring annuel, harmonisé au niveau européen, de la résistance antimicrobienne d'E. coli chez les volailles, les veaux de boucherie et les porcs est réalisé au niveau de l’abattoir. Chez les jeunes bovins viandeux, un monitoring similaire est réalisé à l’exploitation. Le monitoring chez les jeunes bovins viandeux est une initiative nationale.

Résultats du monitoring de la résistance antimicrobienne pour l’indicateur E. coli 2018
  Nombre
d'isolats
Résistance à au moins
1 antimicrobien (%)
Multirésistance
(>3 antimicrobiens) (%)
Multirésistance
(>2 antimicrobiens) (%)
E. coli – volailles 146 93,1 72,6 82,9
E. coli – porcs 185 76,2 40,0 52,4
E. coli – jeunes bovins 151 51,0 20,5 24,5
E. coli – veaux 190 86,8 63,3 69,1

Le pourcentage de germes résistants et multi-résistants chez toutes les espèces animales augmente par rapport à 2017. Chez les volailles, la résistance à l'ampicilline (85,6% en 2018, 77% en 2017), au sulfaméthoxazole (76,7% en 2018, 62% en 2017), au triméthoprime (62,3% en 2018, 50,3% en 2017) et à la ciprofloxacine (60,9% en 2018, 58% en 2017) est observée plus fréquemment et dans un ordre croissant. La résistance la plus courante chez les porcs est la résistance au sulfaméthoxazole (58% en 2018, 48% en 2017), suivie par le triméthoprime (53,5% en 2018, 46% en 2017), l'ampicilline (49,2% en 2018, 52% en 2017), la tétracycline (47,6% en 2018, 47% en 2017), et le traitement par le médicament. Les jeunes bovins ont connu une augmentation marquée du pourcentage d'isolats résistants (51% en 2018, 27% en 2007). Une analyse complète des tendances se trouve dans les rapports annuels de Sciensano.


ESBL (E. coli producteurs de beta-lactamases)

La résistance aux antibiotiques bêta-lactamines est fréquente chez les E. coli. D'un point de vue phénotypique, cette résistance peut être subdivisée en plusieurs groupes, à savoir les E. coli producteurs de BLSE (extended spectrum bêta-lactamases), d'AmpC et de carbapénémase. Un monitoring visant à identifier la répartition des différents groupes a été réalisé chez les porcs et les veaux de boucherie pour la quatrième année consécutive, et chez les volailles pour la troisième fois.


En 2018, tout comme en 2017, le phénotype producteur de carbapénémase a été observé chez les volailles, à chaque fois en combinaison avec soit des BLSE, soit des AmpC. De même qu’en 2017, cela n’a pu être confirmé au moyen de tests génétiques.


Chez les porcs, on a observé un changement en 2018, le pourcentage du phénotype BLSE (82,4% en 2018, 90,6% en 2017) ayant diminué en faveur du phénotype AmpC (10,1% en 2018, 4,7% en 2017). L'occurrence du phénotype AmpC en combinaison avec les BLSE (4,4% en 2018, 4,1% en 2017) est stable par rapport à 2017.


Chez les veaux de boucherie, le phénotype producteur de carbamases a été observé pour la première fois en 2018. Comme chez les volailles, ces résultats n'ont pu être confirmés par des tests génétiques. On a également constaté un léger changement par rapport à 2017, au profit du type AmpC (6,7% en 2018, 3,5% en 2017) et du type mixte BLSE/AmpC (8,4% en 2018, 7,1% en 2017) par rapport au type BLSE (82,7% en 2018, 87,6 en 2017).


Entre 2011 et 2015, des analyses quantitatives (dénombrements) ont été réalisées sur des échantillons de viandes de volailles (carcasses et viandes découpe avec peau) relatives aux E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de carbapénémases. Depuis 2016, on est passé à une technique de détection. En 2018, 300 échantillons ont été analysés. La présence de BLSE a été détectée dans 62,3% des échantillons. Tout comme en 2016 et en 2017, la résistance la plus fréquente concerne le céfotaxime, l'ampicilline, la ceftazidime et le sulfaméthoxazole.

Dans le cadre du monitoring harmonisé au niveau de l'UE, 299 échantillons de viande porcine et 301 échantillons de viande bovine ont été analysés quant à la présence d'E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de carbapénémases. Respectivement 1,3% (4,3% en 2017) et 5,6% (5,3% en 2017) de ces échantillons se sont révélés positifs. Tout comme en 2016 et en 2017, la résistance la plus fréquente dans la viande de porcs concerne l'ampicilline, le céfotaxime et la ceftazidime. Pour la viande bovine, on constate un même profil de résistance.

Dans le cadre du programme de contrôle de l'AFSCA, 299 échantillons de lait cru de vache ont été analysés du point de vue de la présence d’E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de carbapénémases. Parmi ces échantillons, 10% étaient positifs.
312 échantillons de poissons issus de l'aquaculture et de crustacés ont été analysés du point de vue de la présence d’E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de carbapénémases. Parmi eux, 5% était positif (1,05% en 2017).
   
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