www.afsca.be       AFSCA - RAPPORT D'ACTIVITÉS 2019
Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire
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Antibiorésistance Version imprimable   |   Dernière mise à jour le 30.06.2020

Les autorités belges consacrent beaucoup d’attention à la problématique de la résistance antimicrobienne, aussi bien chez l’Homme que chez l’animal. D’une part, la situation est suivie de près grâce à un monitoring de la résistance antimicrobienne (analyses des commensaux et zoonoses dans la viande et chez les animaux vivants) ainsi que de l’utilisation des antibiotiques. D’autre part, des mesures concrètes sont prises et préparées en vue d’une utilisation rationnelle des antibiotiques dans le secteur animal. L'objectif est de réduire la résistance et ainsi d’éviter qu’elle ne constitue un danger pour la santé publique.

Avec les différentes parties prenantes du secteur, l’AFSCA finance l’AMCRA (Antimicrobial Consumption and Resistance in Animals) et collabore avec elle. Ce centre d’expertise réalise des actions de sensibilisation à l'attention des agriculteurs et des vétérinaires, rédige des avis et des formulaires pour une utilisation responsable des antibiotiques. Ces initiatives ont entraîné une baisse de 35,4% des ventes d'antibiotiques entre 2011 et 2018.

AMCRA

Le centre de connaissance AMCRA (Antimicrobial Consumption and Resistance in Animals), une initiative de tous les acteurs concernés et soutenue et cofinancée par l'AFSCA et l'AFMPS (Agence fédérale des médicaments et produits de santé), existe depuis 2012.
Chaque année, des objectifs stratégiques sont définis en vue d’informer, de sensibiliser et de communiquer dans le cadre de la résistance aux antimicrobiens chez les animaux de production et les animaux de compagnie. Ses avis, formulaires, guides de santé, ... sont publiés sur leur site web www.amcra.be. L’AMCRA organise également des campagnes de sensibilisation, des roadshows pour les vétérinaires et éleveurs, et participe comme orateur à des congrès nationaux et internationaux.

En 2019, l'AMCRA a continué à soutenir le gouvernement et les secteurs. Outre les nombreuses activités de communication et de sensibilisation, l'AMCRA a travaillé en étroite collaboration avec le secteur de la viande de veau pour élaborer un plan d'action. Divers avis ont été élaborés et les avis suivants ont été publiés : "La disponibilité des antibiotiques pour les chevaux, l'inventaire de l'utilisation des antibiotiques d’importance critique par la cascade et l'impact sur une éventuelle interdiction de l'utilisation des antibiotiques d’importance critique chez les chevaux", "Avis sur l'interdiction de l'utilisation en médecine vétérinaire (animaux de compagnie) de substances antibactériennes spécifiques exclusivement autorisées pour l'usage humain" et "Avis sur les mesures à prendre pour une utilisation responsable des antibiotiques chez les pigeons voyageurs". Des résumés graphiques des avis "Colistine", "Oxyde de zinc" et "Benchmarking" ont été réalisés et distribués lors de foires et de formations. De plus, l'AMCRA continue de jouer un rôle important au sein du comité de gestion de la convention afin de réduire l’utilisation d'antibiotiques et de continuer à sensibiliser les éleveurs et les vétérinaires. En 2019, des travaux ont été menés sur le plan de réduction "Vision 2024" qui a été pris en compte lors de l'élaboration du plan d'action national "One-Health AMR". L’unité scientifique de l'AMCRA travaille, pour le compte de l'AFMPS, à l’analyse des données issues de Sanitel-Med. La collaboration se poursuivra en 2020.

2019 – Maintien des objectifs poursuivis

Fin 2017, dans le cadre de la convention entre les autorités fédérales et les partenaires sectoriels concernés par la réduction de l'utilisation d'antibiotiques dans le secteur animal, deux des trois objectifs stratégiques ont été atteints. Par rapport à 2011, une réduction de 86% de l'utilisation d'antibiotiques critiques (le but étant une réduction de 75% fin 2020) et une réduction de 66% de l'utilisation d'aliments médicamenteux contenant des antibiotiques (le but étant une réduction de 50% fin 2017) ont été réalisées. En 2019, ces deux objectifs ont continué à être atteints, avec une réduction globale de 77,3% de l'utilisation d'antibiotiques d'importance critique et une réduction allant jusqu'à 69,8% de l'utilisation d'aliments médicamenteux à base d'antibiotiques. D'autres résultats encourageants ont été obtenus afin d'atteindre le troisième objectif stratégique, à savoir une réduction de 50% de l'utilisation générale des antibiotiques d'ici la fin 2020. Fin 2019, une réduction cumulée de 40,3% a été enregistrée, avec une réduction de 7,6% entre 2018 et 2019. Le quatrième rapport annuel sur les activités et les résultats "2019" du comité de gestion de cette convention a été publié sur le site Internet de l'AFSCA.


Figure: Évolution de l’utilisation totale d’antibiotiques par biomasse (somme des kg de viande de bovins, porcs, volailles et petits ruminants produits par an en Belgique, à laquelle on ajoute le nombre de vaches laitières multiplié par leur poids métabolique) en médecine vétérinaire en Belgique entre 2011 et 2019 (Source : BelVetSac).


Figure : Trajet de réduction annuel proposé par l’AMCRA pour l’utilisation d’aliments médicamenteux contenant des antibiotiques entre 2011 et 2020 (barres bleues) et réduction réellement atteinte entre 2011 et 2019 (barres rouges).


Figure : Proportion d’utilisation de produits avec un code de couleur jaune (1er choix d'antibiotiques) , orange (2ème choix d'antibiotiques) et rouge (3ème choix d'antibiotiques = antibiotiques d'importance critique (fluoroquinolones et céphalosporines de 3ème et 4ème génération)) chez les animaux en Belgique entre 2014 et 2019 et évolution en pourcent entre 2018 et 2019 (code couleur = selon les formulaires AMCRA).

En 2019, les éleveurs de veaux de boucherie, volailles et porcs ainsi que leurs vétérinaires ont reçu des rapports de référence basés sur les données enregistrées par les vétérinaires dans Sanitel-Med, une base de données centrale gérée par l'AFMPS.

En 2019, un plan d'action national « One Health AMR » a été élaboré par les administrations concernées et sous la coordination du SPF Santé publique, sécurité de la chaîne alimentaire et environnement. Le plan contient des objectifs et des actions stratégiques et opérationnels pour les trois piliers "humain", "animal, végétal et alimentaire" et "environnement", ainsi que pour le pilier global « one-health ». Le plan a été présenté aux parties prenantes pour avis le 22 novembre 2019 et soumis aux ministres fédéraux de la santé et de l'agriculture compétents pour validation au début de 2020. Vous trouverez de plus amples informations sur le site web du plan d'action national « One Health AMR ».

Depuis 2011, l'AFSCA procède à un suivi de l'antibiorésistance des zoonoses et des germes indicateurs chez les veaux, les jeunes bovins, les porcs et les volailles et dans les produits animaux. Depuis 2014, le monitoring harmonisé au niveau européen est complètement intégré au monitoring national. La résistance aux antimicrobiens de, entre autres, E. coli, Salmonella et Campylobacter est surveillée ainsi que la prévention des E. coli productrices de BLSE, d’AmpC et de carbapénèmase. Les résultats détaillés sont disponibles sur le site Internet de l'AFSCA. Chaque année, les résultats européens sont publiés dans le « EU summary report on AMR » sur le site Internet de l'EFSA.


Monitoring de la résistance antimicrobienne des bactéries zoonotiques

Campylobacter
La résistance antimicrobienne des Campylobacter jejuni a été évaluée sur 91 souches provenant de carcasses et de viandes de volailles. Les résistances les plus fréquentes en 2019 concernent toujours les (fluoro) quinolones et la tétracycline. Il faut également noter que la résistance à la streptomycine a fortement augmenté en 2019 :
  • 23,1% des isolats sont sensibles à tous les antibiotiques testés, ce qui représente une forte diminution par rapport à 2018 (-7%) ;
  • 16,5% des isolats sont résistants à 3 antibiotiques testés ou plus, ce qui représente une forte augmentation par rapport à 2018 (+8,3%).

Salmonella
Chez les animaux vivants, le monitoring de la résistance antimicrobienne des souches de Salmonella prélevées dans le cadre du programme national de lutte contre Salmonella n’a pas été effectué chez les poules pondeuses et les poulets de chair. Ce monitoring a été réduit à un monitoring biannuel en faveur d'un monitoring de la résistance antimicrobienne des entérocoques commensales dont un aperçu des résultats est donné ci-dessous.

Denrées alimentaires
La résistance antimicrobienne a été déterminée pour 69 souches de Salmonella isolées à partir d'aliments dans le cadre du programme de contrôle de l'AFSCA. Pour la 5ème année consécutive, la CMI (concentration minimale d’inhibition) a été évaluée pour tous les sérotypes rencontrés. 7,2% des souches n'ont montré aucune résistance tandis que 71,1% étaient multirésistantes (c.-à-d. résistantes à 3 antibiotiques ou plus). Les résistances les plus fréquentes concernent le sulfaméthoxazole (72,5%), les fluoroquinolones (acide nalidixique (59,4%),  la ciprofloxacine (58,1%)) et la tétracycline (47,8%).
Dans le cadre d'un monitoring harmonisé au niveau de l'UE, la résistance antimicrobienne a été déterminée pour 104 souches de Salmonella isolées à partir d'échantillons de carcasses de porcs prélevés en vue de la vérification du critère d’hygiène des procédés Salmonella spp. Les échantillons ont été obtenus via le programme de contrôle de l'AFSCA (58 échantillons) et via l'autocontrôle réalisé par les opérateurs (46 échantillons). En 2019, tout comme en 2017, le monitoring harmonisé au niveau européen portait sur des carcasses de porcs et de veaux. Chez les veaux, seulement 2 souches ont été isolées en 2019. Chez les porcs, dans 31,7% des cas, les souches ne montraient aucune résistance, ce qui représente une augmentation par rapport à 2017 (+6,2%). 10,6% étaient résistantes à un antibiotique, tandis que 44,2% étaient multirésistantes (c.-à-d. résistantes à 3 antibiotiques ou plus), ce qui représente une diminution par rapport à 2017 (-8,7%). Les résistances les plus fréquentes concernent comme les monitoring précédents l'ampicilline, le sulfaméthoxazole et  la tétracycline. Par rapport à 2017, on constate une diminution de la résistance pour tous les antibiotiques analysés, excepté pour le triméthoprime, le chloramphénicol et la colistine.

MRSA (methicilline resistant Staphylococcus aureus)
Depuis 2011, l’AFSCA réalise un monitoring annuel de la prévalence et de la résistance antimicrobienne de MRSA selon un cycle continu de trois ans : la première année chez les volailles, l'année suivante chez les bovins et la troisième année chez les porcs. Ainsi, les volailles ont été échantillonnées en 2017, les bovins en 2018 et les porcs en 2019. Le nombre d'échantillons positifs pour le MRSA chez les truies et les porcs d'engraissement a diminué, passant respectivement de 59,2 % et 63,3 % en 2016 à 46,4 % et 58,3 % en 2019. Toutes les souches typographiées appartenaient au groupe CC398 (MRSA d'origine animale), en 2016 ce chiffre était de 80 %. Toutes les souches étaient résistantes contre 3 à 10 des 18 agents antimicrobiens étudiés. Une souche était résistante à la mupirocine, un antibiotique de dernier recours en médecine humaine. C'est une amélioration par rapport à 2016, où l’on avait alors trouvé 2 souches résistantes à la mupirocine et 2 au linézolide.


Monitoring de la résistance antimicrobienne des germes indicateurs

Un monitoring - annuel et harmonisé au niveau européen - de la résistance antimicrobienne d'E. coli chez les poulets de chair, les veaux de boucherie et les porcs est réalisé au niveau des abattoirs. Chez les jeunes bovins viandeux, un monitoring similaire est réalisé au sein des exploitations. En 2019, on a également lancé un monitoring de la résistance antimicrobienne des E. coli commensales chez les poules pondeuses et les volailles de reproduction dans le cadre duquel les échantillons ont également été prélevés au niveau de l’exploitation. Le monitoring chez les jeunes bovins viandeux, les poules pondeuses et les volailles de reproduction est une initiative nationale.  

Résultats du monitoring de la résistance antimicrobienne pour l’indicateur E. coli 2019
  Nombre
d'isolats
Résistance à au moins
1 antimicrobien (%)
Multirésistance
(>2 antimicrobiens) (%)
E. coli – volailles
       Poulets de chair
       Dindes de chair
       Poules pondeuses
       Volailles de reproduction
 
140
32
159
106
 
93,6
90,6
35,2
59,4
 
75,0
65,6
13,2
25,5
E. coli – porcs 175 58,9 36,6
E. coli – jeunes bovins 166 29,5 20,5
E. coli – veaux 172 80,2 62,8


Pour toutes les espèces animales, à l’exception des poulets de chair, le pourcentage de germes résistants a diminué par rapport à 2018. Le pourcentage de germes multi-résistants a diminué pour toutes les espèces animales par rapport à 2018. Ce sont deux résultats importants qui peuvent être attribués aux efforts fournis par les différents secteurs dans le cadre de l'utilisation prudente des antibiotiques. La résistance la plus fréquemment observée chez les poulets de chair est celle à l’ampicilline (78,6% en 2019, 85,6% en 2018), au sulfaméthoxazole (70,7% en 2019, 76,7% en 2018), à la ciprofloxacine (59,3% en 2019, 60,9% en 2018) et au triméthoprime (58,6% en 2019, 62,3% en 2018). Contrairement à 2018, une diminution du pourcentage de germes résistants à ces antibiotiques a été observée en 2019. Alors que les prévalences de résistance chez les dindes de chair sont du même ordre de grandeur que chez les poulets de chair, des pourcentages de résistance clairement plus faibles sont observés chez les poules pondeuses et les volailles de reproduction. Au cours des prochaines années, l’évolution de la résistance pourra également être suivie. La résistance la plus courante chez les porcs est celle au sulfaméthoxazole (40,6% en 2019, 58% en 2018), suivie de celles à l’ampicilline (40% en 2019, 49,2% en 2018), à la tétracycline (36,6% en 2019, 47,6% en 2018) et au triméthoprime (36% en 2019, 53,5% en 2018). Dans ce cas-ci aussi, on observe une diminution au niveau des pourcentages de germes résistants pour les différents antibiotiques. Chez les jeunes bovins, après une augmentation notable du pourcentage d'isolats résistants en 2018, une diminution significative a été observée en 2019 (29,5% en 2019, 51% en 2018, 27% en 2017). Une analyse complète des tendances est disponible dans les rapports annuels de Sciensano.


En 2019, le monitoring de la résistance antimicrobienne des entérocoques a été repris sur avis du Comité scientifique institué auprès de l’Agence.

Résultats du monitoring de la résistance aux antimicrobiens dans les indicateurs Enterococcus faecium et Enterococcus faecalis en 2019




La résistance est nettement plus élevée chez les entérocoques par rapport à E. coli et ce, contrairement à la multirésistance qui est nettement plus faible chez les entérocoques, à l'exception des isolats de poulets de chair.



Tant pour E. faecium que pour E. faecalis, on observe une tendance à la baisse de la résistance par rapport au monitoring 2011-2013. Une comparaison complète n'est pas possible car les panels d'antibiotiques ne sont pas identiques. Comme pour le monitoring de 2011 à 2013, on observe une résistance au linézolide chez E. faecium (1 isolat de volaille de reproduction, 3 isolats de veaux et 2 isolats de porcs) et E. faecalis (2 isolats de porcs et 4 isolats de veaux) ainsi qu'une résistance à la vancomycine dans un isolat d'E. faecalis de porc. Cependant, la prévalence reste très faible, ce qui signifie que ces résistances ne se propagent pas massivement dans la population. Le linézolide et la vancomycine sont tous deux des antibiotiques de dernier recours pour l'usage humain.


BLSE (E. coli producteurs de beta-lactamases)

La résistance aux antibiotiques bêta-lactamines est fréquente chez les E. coli. D'un point de vue phénotypique, cette résistance peut être subdivisée en plusieurs groupes, à savoir les E. coli producteurs de BLSE (extended spectrum bêta-lactamases), d'AmpC et de carbapénémase. Un monitoring sélectif visant à identifier la répartition des différents groupes a été réalisé chez les porcs et les veaux de boucherie pour la cinquième année consécutive, chez les poulets de chair pour la quatrième fois et, pour la première fois, chez les dindes de chair. Au cours de la période 2015-2019 pour les veaux de boucherie et les porcs, et 2016-2019 pour les poulets de chair, les prévalences d'E. coli produisant des BLSE ont diminué de 2,4% chez les veaux de boucherie (64% en 2019), de 11,7% chez les porcs (51,2% en 2019) et de 18,6% chez les poulets de chair (66,7% en 2019).


En 2019, tout comme en 2018, le phénotype producteur de carbapénémase a été observé chez les poulets de chair, avec un seul isolat et seulement en combinaison avec des BLSE. De même qu’en 2017 et en 2018, cela n’a pu être confirmé au moyen de tests génétiques.


Le phénotype produisant la carbapénase a également été trouvé chez des dindes de chair. Là encore, il s'agit d'un isolat et, en combinaison avec l'AmpC, le phénotype n'a pas pu être confirmé génétiquement. Contrairement aux résultats obtenus chez les porcs et les veaux, aucune diminution du pourcentage d'isolats résistants aux fluoroquinolones n'est observée chez les volailles en 2019 (65%) par rapport à 2018 (64%).


Chez les porcs, en 2019, le changement observé en 2018 s’est poursuivi :le pourcentage du phénotype BLSE (77% en 2019, 82,4% en 2018, 90,6% en 2017) a diminué en faveur du phénotype AmpC (17% en 2019, 10,1% en 2018, 4,7% en 2017). L'occurrence du phénotype AmpC en combinaison avec les BLSE (3% en 2019) diminue légèrement par rapport à 2018 (4,4%). Une observation positive est qu'une nette diminution du pourcentage d'isolats résistants aux fluoroquinolones est observée en 2019 (19%) par rapport à 2018 (30%).


Chez les veaux de boucherie, le phénotype producteur de carbamases a de nouveau été observé en 2019, tant en combinaison avec l'ESBL qu'avec l'ESBL et l'AmpC . Comme chez les volailles, ces résultats n'ont pu être confirmés par des tests génétiques. Contrairement à 2018, on a constaté en 2019 un léger changement au profit du type BLSE (88,2% en 2019, 82,7% en 2018, 87,6% en 2017) par rapport au type mixte BLSE/AmpC (2,8% en 2019, 8,4% en 2018, 7,1% en 2017). Une observation positive est que, même chez les veaux de boucherie, on observe une nette diminution du pourcentage d'isolats de résistance aux fluoroquinolones en 2019 (46%) par rapport à 2018 (56%).


Entre 2011 et 2015, des analyses quantitatives (dénombrements) ont été réalisées sur des échantillons de viandes de volailles (carcasses et viandes découpée avec peau) concernant les E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de carbapénémases. Depuis 2016, on est passé à une technique de détection. En 2019, 300 échantillons ont été analysés. La présence de BLSE a été détectée dans 52,7% des échantillons. Tout comme en 2018, 100% des souches étaient résistantes à l’ampicilline et à la céfotaxime. La résistance aux fluoroquinoles a continué à diminuer en 2019.

Dans le cadre du monitoring harmonisé au niveau de l'UE, 300 échantillons de viande porcine et 300 échantillons de viande bovine ont été analysés quant à la présence d'E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de carbapénémases. Respectivement 2,7% (1,3% en 2018) et 3,3% (5,6% en 2018) de ces échantillons se sont révélés positifs pour la souche d'E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de carbapénémases. Tout comme en 2017 et en 2018, la résistance la plus fréquente dans la viande de porcs concerne l'ampicilline, le céfotaxime et la ceftazidime. Pour la viande bovine, 100% des souches résistantes montraient une résistance à l’ampicilline, au céfotaxime et à la ceftazidime ; pour les autres antibiotiques testés, la résistance a diminué.

Dans le cadre du programme de contrôle de l'AFSCA, 301 échantillons de lait cru de vache ont été analysés concernant la présence d’E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de carbapénémases. Parmi ces échantillons, 7% étaient positifs.

300 échantillons de légumes (tomates, épinards et germes) ont également été analysés concernant la présence d’E. coli productrices de BLSE, d’AmpC ou de carbapénémases. Parmi eux, 1,3% étaient positif .

Grâce aux efforts des parties impliquées dans la lutte contre la résistance antimicrobienne, on observe également une diminution de l'utilisation des antibiotiques chez les animaux en 2019. Cela se traduit par une nette diminution de la résistance antimicrobienne chez les animaux et dans les produits animaux en 2019, l'exemple le plus notable étant l'augmentation du pourcentage d'E. Coli sensible chez les porcs et les veaux de boucherie, la diminution de la prévalence des E. Coli productrices de BLSE chez les poulets de chair, les porcs et les bovins et la diminution de la prévalence du MRSA chez les porcs. Les mesures préventives et l'utilisation prudente devraient se poursuivre en 2020 afin d'atteindre une réduction de 50% de l'utilisation par rapport à 2011 et de poursuivre la tendance à la baisse de la résistance.

   
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