www.afsca.be       AFSCA - RAPPORT D'ACTIVITÉS 2019
Agence fédérale pour la sécurité de la chaîne alimentaire
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Contaminants microbiologiques Version imprimable   |   Dernière mise à jour le 22.06.2020

Micro-organismes indicateurs
Matériel de prélèvement
Aliments pour animaux
Denrées alimentaires
Engrais, amendements, substrats de culture et boues d'épuration
Eau (non utlisée comme boisson)

Micro-organismes pathogènes
Matériaux de contact
Aliments pour animaux
Denrées alimentaires
Engrais, amendements, substrats de culture et boues d'épuration
Eau (non utlisée comme boisson)



L'AFSCA réalise chaque année des milliers d'analyses microbiologiques d'échantillons prélevés dans tous les maillons de la chaîne alimentaire, pour rechercher ou dénombrer les pathogènes (Salmonella, Campylobacter, STEC - e.a. E. coli O157, E. coli O103, O104:H4, O111, O145 et O26, Listeria monocytogenes, le virus de l'hépatite A, le norovirus, Cronobacter spp., Vibrio cholereae, Vibrio parahaemolyticus, Yersinia enterocolitica) et les organismes indicateurs d'hygiène (Germes totaux, E. coli, Enterobacteriaceae, levures et moisissures). S’ils sont présents en grandes quantités, certains indicateurs comme Staphylococcus à coagulase positive, Bacillus cereus, Clostridium perfringens et Clostridium botulinum peuvent produire des toxines pathogènes pour l’Homme.

Critères microbiologiques applicables aux denrées alimentaires d'origine animale
Poulet contaminé par des bactéries, est-ce dangereux ?
Rapport Trends and Sources (EN)




Micro-organismes indicateurs

Les micro-organismes indicateurs sont des micro-organismes dont la présence ou la concentration est corrélée à la maîtrise de l’hygiène des procédés. Ils peuvent être des indicateurs d'une contamination microbienne initiale de produits crus, de la maîtrise des contaminations après traitement thermique, de l’hygiène des manipulations, des conditions de conservation, ... Exemples : pour le suivi de la contamination fécale, Enterobacteriaceae ou E. coli et pour la surveillance de la contamination aéroportée, les levures et moisissures.

Attention, un critère d’hygiène pour un maillon de la chaîne alimentaire peut être considéré comme un critère de sécurité pour un autre maillon de la chaîne. Par exemple, au sein de la même chaîne, Salmonella est un indicateur d’hygiène lors des procédés d’abattage, mais est par contre un critère de sécurité pour la viande hachée.


    Matériel de prélèvement

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    1.471 83

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    AMR 1.183 100 -
    Campylobacter 513 94,3 1
    E. coli 1.039 99,6 -
    Enterobacteriaceae 150 92,7 -
    Germes totaux 150 90,0 1
    Salmonella 1.498 94,1 9
    Total 3.322 96,2 10

    Mesures prises suite aux non-conformités
      Nombre de mesures
    PV 4
    Avertissements 1
    Autres 5
    Total 10

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Swabs 52 Salmonella
    Peaux du cou 37 Salmonella
    Peaux du cou 29 Campylobacter
    Swabs 15 Germes totaux
    Swabs 11 Enterobacteriaceae
    Swabs 4 E. coli


    Aliments pour animaux

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    202 81

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Enterobacteriaceae 238 95 11
    Total 238 95 11

    Mesures prises suite aux non-conformités
      Nombre de mesures
    PV 4
    Saisies 3
    Avertissements 1
    Autres 3
    Total 11

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Aliments complets pour animaux 7 Enterobacteriacea
    Produits à mastiquer pour chiens 4 Enterobacteriacea
    Protéines animales NHC 1 Enterobacteriacea


    Denrées alimentaires

    WGS - Listeria monocytogenes

    En octobre 2019, une action de rappel a été organisée pour des produits à base de viande d'une entreprise néerlandaise. Une enquête menée par les autorités néerlandaises a permis de mettre en lumière le lien entre 19 personnes atteintes d’une listériose aux Pays-Bas et les produits contaminés par Listeria monocytogenes de cette entreprise. Il y a également eu trois décès et une fausse couche aux Pays-Bas. La cause de ce foyer de toxi-infection alimentaire a pu être identifiée grâce à l’utilisation d’une technique sophistiquée, à savoir le séquençage du génome entier (WGS, Whole Genome Sequencing). L’utilisation de cette technique a permis de visualiser en détail l’ADN des bactéries. En comparant l’ADN des bactéries provoquant la maladie avec l’ADN des bactéries qui ont contaminé les denrées alimentaires, et en combinant cela avec les données de consommation alimentaire des patients, le lien entre les patients et les aliments a pu être établi.

    La technique du WGS n’est pas seulement un moyen de mieux identifier les foyers qui sont déjà en cours, elle permet également de signaler sur base des résultats obtenus qu’il y a peut-être un problème de Listeria dans une entreprise dont on n'a pas connaissance. Un tel signal devrait encourager les opérateurs dans la chaîne alimentaire à réaliser des recherches supplémentaires afin d’empêcher un éventuel foyer. La technique du WGS est de plus en plus utilisée pour des contrôles réalisés aussi bien par les instances officielles que par les entreprises du secteur alimentaire. La technique du WGS est la voie à suivre sur le plan de l’analyse microbiologique. L’AFSCA en est également convaincue et a proposé, à condition qu’elle dispose à cet effet des moyens nécessaires sur une base ad hoc, d’utiliser la technique du WGS de manière plus systématique.


    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    4.927 3.216

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    AMR 1.500 100 -
    Clostridium perfringens 178 100 -
    Clostridium anaérobies sulfito-réducteurs 49 100 -
    Coliformes 51 94,1 -
    E. coli 5.215 98 26
    Enterobacteriaceae 1.726 93,5 10
    Entérocoques 97 95,9 2
    Germes totaux 2.112 88,1 55
    Levures et moisissures 425 97,2 -
    Pseudonomas aeruginosa 81 100 -
    Spores d'anaérobies sulfito-réducteurs 44 100 -
    Streptocoques 43 100 -
    Total 7.867 94,1 90

    Mesures prises suite aux non-conformités
      Nombre de mesures
    Mesures suite aux non-conformités à l'encontre d'une autre entreprise 55
    Avertissements 14
    PV 2
    Saisies 1
    Autres 18
    Total 90

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Viande 133 Germes totaux
    Fromage 55 Enterobacteriaceae
    Crustacés 47 Germes totaux
    Préparations de viande 43 Germes totaux
    Beurre 29 E. coli
    Fromage 22 E. coli
    Viande 20 E. coli
    Produits à base de viande 16 Enterobacteriaceae
    Glace de consommation 14 Enterobacteriaceae
    Beurre 12 Enterobacteriaceae
    Mollusques bivalves 8 E. coli
    Lait 6 Enterobacteriaceae
    Produits à base de viande 6 Levures et moisissures
    Lait 5 Germes totaux
    Crustacés 5 E. coli
    Salade de poissons 5 Levures et moisissures
    Glace de consommation 4 Germes totaux
    Insectes 4 Germes totaux
    Eau 4 E. coli
    Eau 4 Entérocoques
    Tofu 3 Germes totaux
    Préparations de viande 3 E. coli
    Plats préparés prêts à consommer réchauffés 3 E. coli
    Eau 3 Coliformes
    Yoghourt 3 Enterobacteriaceae
    Préparations à base d'oeufs crus 2 Germes totaux
    Insectes 2 E. coli
    Germes de légumes 2 E. coli
    Plats préparés prêts à consommer froids 2 E. coli
    Tempe 2 Germes totaux
    Tofu 2 E. coli
    Produits végétariens 2 Germes totaux
    Préparations de suite pour nourrissons 2 Enterobacteriaceae
    Eau 2 Germes totaux
    Boissons à base de lait 1 Enterobacteriaceae
    Babeurre 1 Enterobacteriaceae
    Curcuma 1 Germes totaux
    Préparations pour nourrissons 1 Enterobacteriaceae
    Produits à base d'isectes 1 Germes totaux
    Riz 1 E. coli
    Salade de crustacés 1 Levures et moisissures
    Abats 1 Germes totaux
    Poissons 1 E. coli
    Produits à base de viande 1 E. coli
    Produits à base de viande 1 Germes totaux
    Aliments à des fins médicales destinés spécifiquement aux nourrissons 1 Enterobacteriaceae
    Plats préparés prêts à consommer réchauffés 1 Germes totaux


    Engrais, amendements, substrats de culture et boues d'épuration

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    37 3

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Enterobacteriaceae 54 100 -
    Total 540 100 -


    Eau (non utilisée comme boisson)

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    141 130

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Clostridium perfringens 96 100 -
    Coliformes 34 94,1 2
    E. coli 142 99,3 -
    Entérocoques 55 98,2 2
    Germes totaux 2 100 -
    Total 145 97,2 4

    Mesures prises suite aux non-conformités
      Nombre de mesures
    Avertissements 2
    Autres 2
    Total 4

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Eaux utilisées dans les préparations 2 Coliformes
    Eaux utilisées dans les préparations 1 Entérocoques
    Eaux (non destinées à la boisson) 1 E. coli



Micro-organismes pathogènes

L’analyse des denrées alimentaires sur la présence de micro-organismes pathogènes vise la détection de micro-organismes qui peuvent provoquer des maladies chez l'Homme suite à la consommation de denrées alimentaires qui en contiennent. Certaines bactéries produisent des toxines qui sont responsables de maladies chez l’Homme. Les micro-organismes pathogènes peuvent être des bactéries (par exemple Listeria monocytogenes, Salmonella, E. coli producteurs de shigatoxines (STEC), Yersinia enterocolitica) et des virus (par exemple norovirus, virus de l’hépatite A).


    Matériaux de contact

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    3 3

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Norovirus 12 100 -
    Total 12 100 -


    Aliments pour animaux

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    829 465

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Salmonella 922 98,0 19
    Total 922 98,0 19

    Mesures prises suite aux non-conformités
      Nombre de mesures
    Saisies 4
    Mesures suite aux non-conformités à l'encontre d'une autre entreprise 3
    Avertissements 1
    PV 1
    Autres 10
    Total 19

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Protéines animales NHC 8 Salmonella
    Produits d'animaux terrestres 3 Salmonella
    Céréales : produits et sous-produits 2 Salmonella
    Produits à mastiquer pour chiens 2 Salmonella
    Aliments complémentaires pour animaux 1 Salmonella
    Produits à base d'œufs NHC 1 Salmonella
    Aliments complets pour animaux 1 Salmonella


    Denrées alimentaires

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    7.276 4.234

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Bacillus cereus 1.300 99,2 -
    Campylobacter 1.864 98,4 2
    Clostridium botulinum 51 100 -
    Cronobacter sakazakii 304 100 -
    Hépatite A Virus 734 100 -
    Listeria monocytogenes 8.115 99,4 16
    Norovirus 209 98,6 3
    Salmonella 5.402 98,1 7
    Shigella 9 100 -
    Staphylocoques 3.299 98,9 8
    STEC 3.378 99,4 2
    Vibrio cholerae 227 100 -
    Vibrio cholerae pathogène 1 100 -
    Vibrio parahaemolyticus 95 100 -
    Yersinia enterocolitica pathogène pour l’homme 328 99,1 -
    Total 13.964 98,2 37

    Mesures prises suite aux non-conformités
      Nombre de mesures
    Avertissements 6
    PV 4
    Saisies 3
    Mesures suite aux non-conformités à l'encontre d'une autre entreprise 1
    Autres 23
    Total 37

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Viande 70 Salmonella
    Viande 27 Campylobacter
    Fromage 24 Staphylocoques
    Produits à base de viande 17 Listeria monocytogenes
    Beurre 16 Listeria monocytogenes
    Abats 13 Salmonella
    Swabs 11 STEC
    Préparations de viande 9 Salmonella
    Fromage 8 Listeria monocytogenes
    Beurre 4 Staphylocoques
    Préparations à base d'œufs crus 3 Staphylocoques
    Swabs 3 Norovirus
    Mollusques bivalves 3 Norovirus
    Viande 3 STEC
    Produits à base de viande 3 Salmonella
    Plats préparés prêts à consommer réchauffés 3 Salmonella
    Jus de légues 2 Campylobacter
    Plats préparés prêts à consommer froids 2 Bacillus cereus
    Crustacés 2 Staphylocoques
    Salade de crustacés 2 Listeria monocytogenes
    Swabs 2 Yersinia enterocolitica pathogène pour l’homme
    Filets de poisson 2 Listeria monocytogenes
    Salade de poissons 2 Staphylocoques
    Préparations de viande 2 Listeria monocytogenes
    Préparations de viande 2 STEC
    Préparations à base d'œufs crus 1 Salmonella
    Beurre 1 STEC
    Fromage 1 STEC
    Cumin 1 Bacillus cereus
    Lait 1 Bacillus cereus
    Lait 1 STEC
    Menthe 1 Salmonella
    Paprika en poudre 1 Salmonella
    Riz 1 Bacillus cereus
    Crustacés 1 Salmonella
    Sushi 1 Bacillus cereus
    Sushi 1 Listeria monocytogenes
    Sushi 1 Norovirus
    Poissons 1 Bacillus cereus
    Poissons 1 Listeria monocytogenes
    Viande 1 Bacillus cereus
    Préparations de viande 1 Bacillus cereus
    Préparations de viande 1 Campylobacter
    Préparations de viande 1 Yersinia enterocolitica pathogène pour l’homme
    Pâtes alimentaires 1 Bacillus cereus
    Plats préparés prêts à consommer réchauffés 1 Bacillus cereus


    Engrais, amendements, substrats de culture et boues d'épuration

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    42 4

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Salmonella 61 96,7 -
    Total 61 96,7 -

    Non-conformités
      Nombre d'échantillonnages Paramètres non conformes
    Protéines animales NHC 2 Salmonella


    Eau (non utilisée comme boisson)

    Nombre de missions Nombre d'opérateurs
    53 48

      Nombre d'échantillonnages Echantillonnages conformes (%) Nombre de mesures
    Norovirus 2 100 -
    Salmonella 21 100 -
    Staphylocoques 44 100 -
    STEC 20 100 -
    Total 87 100 -
   
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