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Contaminants microbiologiques Version imprimable |  Dernière mise à jour le
10.06.2021
L'AFSCA réalise chaque année des milliers d'analyses microbiologiques d'échantillons prélevés dans tous les maillons de la chaîne alimentaire, pour rechercher ou dénombrer les pathogènes (Salmonella, Campylobacter, STEC (e.a. E. coli O157, E. coli O103, O104:H4, O111, O145 et O26), Listeria monocytogenes, Staphylococcus à coagulase positive, Bacillus cereus, le virus de l'hépatite A, le norovirus, Clostridium perfringens, Cronobacter sakazakii, Clostridium botulinum, Vibrio cholereae, Vibrio parahaemolyticus, Yersinia) et indicateurs d'hygiène (germes totaux, E. coli, Enterobacteriaceae, levures et moisissures).
Risques microbiologiques d'une conservation
non réfrigérée des sandwichs garnis (avis 10-2015)
La législation définit une température de conservation maximale pour les denrées alimentaires composées. Cette température est de 4°C ou 7°C pour les sandwichs garnis, selon la nature de la garniture. Étant donné que, selon des opérateurs, cette faible température de conservation a un impact négatif sur le goût, il a été demandé au Comité scientifique si les sandwichs peuvent être proposés à la vente à une température plus élevée dans le commerce de détail sans compromettre la sécurité alimentaire.
Des sandwichs garnis peuvent contenir une grande gamme d'ingrédients différents dont des viandes et des produits à base de viande, des produits de la pêche frais et transformés, des légumes crus, des œufs cuits durs, des sauces etc. Il est possible que les ingrédients soient contaminés par des bactéries pathogènes comme Listeria monocytogenes, Salmonella, Staphylococcus aureus ou E. coli. Certaines de ces bactéries doivent d'abord se développer et/ou produire des substances toxiques pour être capables d'engendrer une maladie chez l'homme. Cela se produit surtout lorsque les ingrédients sont sortis du frigo avant la préparation de sandwichs garnis. La température augmente alors et permet la multiplication de bactéries pathogènes éventuellement présentes. Lorsque, par la suite, des consommateurs achètent les sandwichs garnis sans les consommer immédiatement, la multiplication de ces bactéries sera encore facilitée.
Une étude menée en France montre que les consommateurs qui achètent des sandwichs garnis les conservent à température ambiante et que 99,99 % des consommateurs les consomment dans les 4 heures. Sur base des résultats des études sur la croissance de bactéries pathogènes et sur base de l'opinion d'experts, le Comité scientifique estime qu'une conservation des sandwichs garnis à 13°C durant 3 heures au magasin n'occasionne aucun risque de sécurité alimentaire supplémentaire si le consommateur consomme le sandwich dans les 4 heures. Cette estimation n'est pas valable pour les sandwichs garnis de viande ou de préparations de viandes fraîches (notamment carpaccio, hachis, filet américain) ou de poisson frais. La probabilité de présence de bactéries pathogènes est plus forte dans ces ingrédients, ce qui augmente le risque.
Le Comité scientifique conseille de surveiller de près la température des sandwichs garnis dans les points de vente et de limiterleur durée de conservation à maximum 3 heures à 13°C. Son dépassement peut compromettre la qualité microbiologique générale et éventuellement la sécurité alimentaire. |
Microorganismes indicateurs
Les microorganismes indicateurs sont des microorganismes, toxines ou métabolites dont la présence ou la concentration est corrélée à la maîtrise de l’hygiène des procédés. Ils peuvent être indicateurs de la contamination microbienne initiale de produits crus, de la maîtrise des contaminations après traitement thermique, de l’hygiène des manipulations, des conditions de conservation. Par exemple, pour le suivi de la contamination fécale : Enterobacteriaceae ou E. coli et pour la surveillance de la contamination aéroportée, les levures et moisissures.
Attention, des critères d’hygiène pour un maillon de la chaîne alimentaire peuvent être considérés comme un critère de sécurité pour un autre maillon de la chaîne et réciproquement. Par exemple, au sein de la même chaîne, Salmonella est un indicateur d’hygiène des procédés pour l’abattage et devient un critère de sécurité pour les viandes hachées.
| Nombre de missions |
Nombre d'opérateurs |
| 6.443 |
3.647 |
| |
Nombre d'échantillonnages |
Echantillonnages conformes |
Nombre de mesures |
| E. coli |
7.402 |
97,8% |
50 |
| Germes totaux |
3.520 |
85,7% |
65 |
| Enterobacteriaceae |
1.848 |
95,2% |
32 |
| Levures et moisissures |
568 |
78,2% |
5 |
| Pseudonomas aeruginosa |
170 |
98,2% |
2 |
| Entérocoques |
139 |
97,8% |
2 |
| Coliformes |
130 |
94,6% |
3 |
| Spores d'anaérobies sulfito-réducteurs |
74 |
100% |
|
| Streptocoques |
43 |
97,7% |
|
| Total |
9.089 |
91,3% |
152 |
Mesures suite aux non-conformités
| |
Nombre de mesures |
| Mesures suite aux non-conformités à l'encontre d'un autre opérateur |
55 |
| Avertissements |
45 |
| Saisies |
1 |
| PV |
5 |
| Autres |
46 |
| Total |
152 |
Non-conformités
| |
Nombre d'échantillonnages |
Paramètres non conformes |
| Viande et produits à base de viande |
378 |
E. coli, Enterobacteriaceae, germes totaux, levures et moisissures |
| Fruits et légumes |
97 |
Levures et moisissures, Germes totaux, E. coli |
| Lait et produits laitiers |
75 |
Germes totaux, E. coli, Enterobacteriaceae |
| Produits de la pêche |
64 |
Germes totaux, E. coli |
| Eaux et cubes de glace |
27 |
Pseudomonas aeruginosa, Coliformes |
| Crème glacée et solf-ice |
26 |
Germes totaux, Enterobacteriaceae |
| Fromage |
25 |
E. coli |
| Salade de crustacés, salade de poissons |
24 |
Levures et moisissures, Germes totaux |
| Pâtisserie |
17 |
Germes totaux, E. coli |
| Plats préparés |
14 |
Germes totaux, E. coli, Enterobacteriaceae |
| Engrais, protéines animales, digestats |
9 |
Enterobacteriaceae, E. coli |
| Préparations à base d'oeufs crus |
7 |
Germes totaux, E. coli |
| Seïtan, tempeh, tofu |
6 |
Germes totaux |
| Aliments diététiques destinés à des fins médicales spéciales, spécifiquement destinés aux nourrissons |
3 |
Germes totaux |
| Lait et préparations pour nourrissons |
3 |
Germes totaux, Enterobacteriaceae |
| Epices |
3 |
Germes totaux |
| Aliments complémentaires pour animaux |
1 |
Enterobacteriaceae |
| Ovoproduits en poudre |
1 |
Enterobacteriaceae |
| Pâtes alimentaires |
1 |
E. coli |
Microorganismes pathogènes
L’analyse de microorganismes pathogènes dans les denrées alimentaires vise la détection de microorganismes qui peuvent provoquer des maladies chez les hommes suite à la consommation de denrées alimentaires qui en contiennent. Certaines bactéries produisent des toxines qui sont responsables de maladies chez l’homme. Les microorganismes / toxines pathogènes comprennent des bactéries (par exemple Listeria monocytogenes, Salmonella, E. coli producteurs de shigatoxines, Yersinia enterocolitica), des virus (par exemple norovirus, virus de l’hépatite A) et des toxines de bactéries (par exemple toxines de Clostridium perfringens, de Bacillus cereus, de Staphylococcus aureus).
| Nombre de missions |
Nombre d'opérateurs |
| 11.282 |
5.754 |
| |
Nombre d'échantillonnages |
Echantillonnages conformes |
Nombre de mesures |
| Salmonella |
10.912 |
97,3% |
90 |
| Listeria monocytogenes |
9.466 |
99,0% |
37 |
| Staphylocoques |
4.193 |
98,2% |
15 |
| STEC |
3.612 |
99,1% |
9 |
| Campylobacter |
3.434 |
93,0% |
28 |
| Bacillus cereus |
1.446 |
98,3% |
3 |
| Yersinia enterocolitica |
608 |
86,5% |
6 |
| Norovirus |
489 |
99,2% |
|
| Cronobacter sakazakii |
404 |
99,8% |
1 |
| Clostridium perfringens |
379 |
99,2% |
1 |
| Hépatite A Virus |
370 |
99,5% |
|
| Vibrio cholerae |
289 |
87,2% |
8 |
| Vibrio parahaemolyticus |
151 |
80,8% |
4 |
| Clostridium botulinum |
119 |
98,3% |
|
| Yersinia serotypage |
45 |
42,2% |
|
| Vibrio cholerae pathogène |
43 |
69,8% |
2 |
| Vibrio parahaemolyticus pathogène |
36 |
69,4% |
1 |
| Total |
20.480 |
95,6% |
196 |
Mesures suite aux non-conformités
| |
Nombre de mesures |
| Avertissements |
23 |
| Mesures suite aux non-conformités à l'encontre d'un autre opérateur |
25 |
| Saisies |
8 |
| PV |
11 |
| Autres |
129 |
| Total |
196 |
Non-conformités
| |
Nombre d'échantillonnages |
Paramètres non conformes |
| Viande et produits à base de viande |
640 |
Salmonella, STEC, Listeria monocytogenes, Yersinia enterocolitica, Campylobacter, Staphylococcus coagulase pos., Clostridium botulinum |
| Produits de la pêche |
77 |
Vibrio parahaemolyticus, Vibrio cholereae, Salmonella, Listeria monocytogenes, norovirus, virus hépatite A |
| Fromage |
42 |
STEC, Staphylococcus coagulase pos., Listeria monocytogenes |
| Aliments pour animaux |
26 |
Salmonella |
| Lait et préparations pour nourrissons |
19 |
Listeria monocytogenes, Staphylococcus coagulase pos., STEC, Cronobacter sakazakii |
| Plats préparés |
18 |
Bacillus cereus, Listeria monocytogenes, Staphylococcus coagulase pos. |
| Crème glacée et solf-ice |
9 |
Staphylococcus coagulase pos. |
| Préparations à base d'œufs crus |
8 |
Staphylococcus coagulase pos. |
| Pâtisserie |
6 |
Staphylococcus coagulase pos., Bacillus cereus |
| Fruits et légumes |
5 |
STEC, Listeria monocytogenes, Staphylococcus coagulase pos., Salmonella |
| Eaux et cubes de glace |
4 |
Clostridium perfringens, Bacillus cereus |
| Lait et produits laitiers |
4 |
STEC, Staphylococcus coagulase pos |
| Epices |
2 |
Bacillus cereus |
| Riz, pâtes, semoule |
2 |
Staphylococcus coagulase pos., Bacillus cereus |
| Salade de crustacés, salade de poissons |
2 |
Staphylococcus coagulase pos., Listeria monocytogenes |
| Œufs |
1 |
Staphylococcus coagulase pos. |
Antibiorésistance
Les autorités belges, les centres de recherche en général, et le comité scientifique de l’AFSCA en particulier, consacrent beaucoup d’attention à la résistance antimicrobienne. La situation est suivie de près grâce au monitoring (analyses de viande et des animaux vivants) et des mesures concrètes sont prises et préparées en vue d’une utilisation rationnelle des antibiotiques dans le secteur animal. L’objectif est de réduire la résistance et ainsi d’éviter qu’elle ne constitue un danger pour la santé publique.
Avec les différentes parties prenantes du secteur, l’AFSCA finance et collabore à l’AMCRA (Antimicrobial Consumption and Resistance in Animal). Ce centre d’expertise réalise des actions de sensibilisation des agriculteurs et vétérinaires, fait un état des lieux de la situation et prépare des guides pour une utilisation responsable des antibiotiques.
En 2015, l’accent a été mis sur une convention entre les autorités et les secteurs concernés en vue de suivre les objectifs de réduction de l’utilisation d’antibiotiques proposés par l’AMCRA et de stimuler l’implémentation des mesures d’autorégulation. En outre, un arrêté royal en cours de rédaction déterminera les règles à suivre pour l’enregistrement central obligatoire de l’utilisation d’antimicrobiens ainsi que pour l’encadrement de l’utilisation d’antibiotiques critiques importants en médecine vétérinaire et pour la santé humaine et animale. La signature de cette convention et la publication de l’arrêté royal sont prévus pour l’été 2016.
Depuis 2011, l'AFSCA procède à un suivi de l'antibiorésistance des germes pathogènes et indicateurs chez les veaux, les jeunes bovins, les porcs et les volailles. Depuis 2014, il existe un monitoring harmonisé au niveau européen. La Belgique participe à ce programme de surveillance de la résistance antimicrobienne d’entre autres E. coli, Salmonella et Campylobacter, y compris des bactéries productrices d’ESBL chez les volailles. Chaque année, l’EFSA en publie les résultats européens.
Grâce à ces efforts, la prévalence de la résistance et de l’émergence d’E. coli multirésistantes diminue significativement dans les différentes espèces animales pendant la période 2011-2015. Cela se traduit entre autres par une diminution de la prévalence des E. coli productrices d’ESBL sur les carcasses et la viande de volaille.
AMCRA
Le centre de connaissance AMCRA (Antimicrobial Consumption and Resistance in Animals), une initiative de tous les acteurs concernés soutenue et cofinancée par l'AFSCA et l' AFMPS (Agence fédérale des médicaments et produits de santé), existe depuis 2012.
Chaque année, des objectifs stratégiques sont définis en vue d’informer, de sensibiliser et de communiquer dans le cadre de la résistance aux antimicrobiens chez les animaux de production et les animaux de compagnie. Ses avis, formulaires, guides de santé, ... sont publiés sur leur site web www.amcra.be. L’AMCRA organise également des campagnes de sensibilisation, des roadshows pour les vétérinaires et éleveurs, et participe comme orateur à des congrès nationaux et internationaux.
En 2015, l’AMCRA a publié deux nouveaux avis : l’un sur la vaccination et la biosécurité, l’autre sur les facteurs qui influencent l’utilisation d’antibiotiques. L’AMCRA a également soutenu les autorités et les secteurs lors de la mise en place de Sanitel-Med, le système central de collecte de données sur l’utilisation d’antibiotiques. La collaboration se poursuivra en 2016. |
Monitoring de la résistance antimicrobienne des bactéries zoonotiques
Campylobacter
La résistance antimicrobienne des Campylobacter jejuni a été évaluée sur 387 souches provenant de carcasses et de viandes de volailles. En 2015, la résistance aux fluoroquinolones et à la tétracycline continue à augmenter progressivement en 2015 :
- 30% des isolats sont sensibles à tous les antibiotiques testés,
- 2% des isolats sont résistants à 3 antibiotiques ou plus, ce qui représente une augmentation de la multirésistance (+1,5% par rapport à 2014).
Salmonella
Chez les animaux vivants, le profil de résistance antimicrobienne est déterminé pour les souches de Salmonella isolées chaque année dans le cadre du programme national de lutte contre Salmonella chez les poules pondeuses et les poulets de chair. Ces analyses s'inscrivent dans le cadre du monitoring harmonisé au niveau européen.
Poules pondeuses
Chez les poules pondeuses, 60 souches ont été analysés dont 29 souches de S. Enteritidis, 5 souches de S. Infantis et des souches de S. Idikan (4), S. Mbandaka (4), S. Rissen (4) et S. Typhimurium (1). 21 souches de S. Enteritidis étaient résistantes à la colistine, dont une l’était aussi à l'acide nalidixique. Seule la souche de S. Typhimurium était également résistante à la colistine. Les 38 autres souches étaient toutes sensibles aux antibiotiques analysés.
Poulets de chair
Chez les poulets de chair, 143 souches ont été analysés : 52% des souches étaient résistantes au moins à un antibiotique analysé, 18% des souches étaient multirésistantes (> 3 antibiotiques). Le nombre de souches de S. Infantis a encore augmenté par rapport à 2014 (11) mais le pourcentage de souches multirésistantes a diminué de 95,2% à 30%. Par rapport à 2014, on observe un pourcentage plus élevé de souches S. Typhimurium résistantes et multirésistantes qu'en 2014 (85,7% et 28,6%).
Résultats des souches des principaux sérotypes prélevés dans les exploitations de poulets de chair
| |
Nombre de souches |
Résistance à au moins 1 antimicrobien |
Multirésistance (>3 antimicrobiens) |
| S. Infantis |
30 |
87% |
30% |
| S. Agona |
15 |
0% |
0% |
| S. Mbandaka |
13 |
25% |
0% |
| S. Livingstone |
12 |
8% |
0% |
| S. Typhimurium |
16 |
87% |
50% |
| S. Paratyphi B var. Java |
11 |
100% |
64% |
| S. Enteritidis |
9 |
78% |
0% |
| S. Derby |
7 |
100% |
14% |
| S. Rissen |
4 |
75% |
25% |
Denrées alimentaires
La résistance antimicrobienne a été évaluée sur 232 souches de Salmonella mises en évidence dans le programme de contrôle "Analyses des denrées alimentaires". Contrairement aux années précédentes, les CMI ont été réalisées sur tous les sérotypes de Salmonella. Les sérotypes les plus rencontrés en 2015 étaient Give (14%), Enteritidis (11%), Paratyphi B var. L(+) Tartrate+ (10%), Agona (9%), Typhimurium, Mbandaka et Infantis (8% chacun). Puisqu’un grand nombre de sérotypes jamais analysés auparavant ont été testés, la comparaison avec les années précédentes n’est pas possible.
Les isolats mis en évidence sur les carcasses échantillonnées pour vérifier le respect du critère d’hygiène des procédés Salmonella sont analysés dans le cadre de l’étude de la résistance antimicrobienne conformément aux dispositions européennes établies dans le cadre du monitoring harmonisé. En 2015, celui-ci portait sur les carcasses de porcs et de bovins de moins d’un an. 172 isolats ont été testés ; les résistances les plus fréquemment rencontrées impliquaient l’ampicilline (42%), le sulfaméthoxazole (41%) et la tétracycline (35%).
MRSA (methicilline
resistant Staphylococcus aureus)
Depuis 2011, l’AFSCA réalise un monitoring annuel de la prévalence et de la résistance antimicrobienne de MRSA selon un cycle continu de trois ans : la première année chez les volailles, l'année suivante chez les bovins et la troisième année chez les porcs. Ainsi, en 2013 ce sont les porcs qui ont été échantillonnés, les volaille en 2014 et les bovins en 2015.
Prévalence de MRSA appartenant au complexe clonal CC398 (MRSA lié aux animaux)
| |
Nombre d’analyses |
MRSA |
CC 398 |
| Veaux viandeux |
147 |
44% |
95% |
| Bovins viandeux |
103 |
8% |
100% |
| Bovins laitiers |
96 |
9% |
89% |
Pour les trois catégories, on a observé une légère diminution de l’antibiorésistance par rapport à 2012. A l'exception d'une souche, toutes les souches étaient multirésistantes à 4 jusqu'à 15 des 19 antimicrobiens analysés. Aucune souche n'était résistante à la vancomycine, à la mupirocine et au linézolide, antibiotiques de dernier recours utilisés en médecine humaine.
Monitoring de la résistance antimicrobienne des germes indicateurs
Un monitoring annuel de la résistance antimicrobienne d'E.coli chez les jeunes bovins viandeux est réalisé en exploitation. Chez les volailles, les veaux de boucherie et les porcs, un monitoring similaire est réalisé au niveau de l'abattoir. Le monitoring chez les volailles, les veaux de boucherie et les porcs fait partie d'un monitoring harmonisé au niveau européen. Le monitoring chez les jeunes bovins viandeux est une initiative nationale.
| |
Nombre de souches |
Résistance à au moins 1 antimicrobien |
Multirésistance (>3 antimicrobiens) |
| E. coli - volailles |
152 |
88,1% |
63,8% |
| E. coli – porcs |
186 |
59,1% |
24,5% |
| E. coli – jeunes bovins |
180 |
28,9% |
12,8% |
| E. coli – veaux |
196 |
76,5% |
46,4% |
Chez les volailles, il y a une légère augmentation du pourcentage de souches multirésistantes par rapport à 2014 (58,2%). C'est un changement de tendance par rapport aux années précédentes. Les résistances les plus courantes sont celles à l'ampicilline (75,6%), au sulfaméthoxazole (68,4%) et à la ciprofloxacine (63,8%). Chez les porcs, tout comme les années précédentes, une diminution est observée tant du pourcentage de souches résistantes que celui de souches multirésistantes. Chez les jeunes bovins, le pourcentage de souches résistantes reste le même qu’en 2014 (28,7%), mais on observe une diminution du pourcentage de souches multirésistantes (18,3% en 2014). Chez les veaux de boucherie, il y a une légère augmentation du pourcentage de souches résistantes par rapport à 2014 (73,9%), mais il y a par contre une diminution du pourcentage de souches multirésistantes (54,3% en 2014).
ESBL
Les échantillons provenant des carcasses et des viandes de volailles avec peau, prélevés en abattoirs, dans le secteur de la transformation et de la distribution pour le dénombrement des E. coli sont analysés depuis 2011 dans le cadre de la détection des ESBL (E. coli producteurs de beta-lactamases). En 2015, 591 échantillons ont été analysés ; 34,9% ont été testés positifs, ce qui représente une légère diminution par rapport à 2014 (-2,1%).
Dans le cadre du monitoring harmonisé au niveau européen, 297 échantillons de viande fraîche porcine et 432 échantillons de viande fraîche bovine ont été prélevés dans le secteur de la distribution en 2015 pour la détection des ESBL : respectivement 15,5% et 9,5% de ces échantillons étaient positifs. |
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